产地不同：普通鸭蛋大部分都是在内陆小湖小泊中人工养殖的鸭子产的蛋，海鸭蛋是由海边城市天然放养的海鸭所产的蛋。
喂食饲料不同：普通鸭蛋一般以人工饲料或者湖中的淡水鱼为食，为了保证其质量以及产蛋的数量，一般主要还是人工饲料为主，而海鸭蛋是由海边城市天然放养的海鸭所产的蛋，其主要以海中的小鱼、小虾、小螺以及小蟹为食，无添加，这种海鸭十分肥美。
营养价值不同：食用海鸭蛋对人体多么有益，关键是其营养不仅丰富，但是其胆固醇含量还只是鸡蛋的50%，而普通鸭蛋营养价值就比海鸭蛋营养价值就逊色很多。
海鸭以捕食海边小海鲜为生，所以又形象的称之为叫弄潮鸭，海鸭蛋是中国南海北部湾海域国家红树林保护区、主要产区为湛江、防城港、北海、钦州、威海、广东台山等沿海地区的海边域涂滩养殖的海鸭所产的蛋。每次潮落，红树林里总会滞留有很多的小鱼、小虾、小蟹、小螺等海洋生物。这些高蛋白的天然饵料就变成了海鸭的美餐，使得海鸭体肥蛋多，蛋黄晶红，由此可见海鸭蛋与普通鸭蛋相比，营养价值是更高的。
禽类蛋的蛋黄中本来含油量就比较高，但由于是以乳化(洗碗的洗洁精就是油脂的乳化剂)状态存在，所以和我们一般见到的“油”不一样。经过长时间的腌制，乳化状态的油的性状发生改变，所以当我们切开咸鸭蛋，就会有油流出来。所以，油多的咸鸭蛋并不是腌制的好，大部分是因为选用了含油量高的鸭蛋而造成的。
高渗溶液中氯化钠等进入鸭蛋中，鸭蛋中的氯化钠成分会越来越多，达到和外界水平一致。而蛋黄中的成分则会在盐和其他成分的作用下发生变化，只要经过足够长的时间，腌鸭蛋也都会出油的。
吃咸鸭蛋的好处：
鸭蛋腌制后，依旧有较好的营养。咸蛋黄的营养价值和新鲜蛋黄接近，含有蛋白质、卵磷脂和钙、磷、铁等多种矿物质，还有人体所需的各种氨基酸和微量元素及维生素，而且容易被人体所吸收。
随着腌制的进行，含盐量和出油量不断增加，油色泽更加鲜艳，黏度变得更稠并产生特殊的风味，口感更佳。
鸭蛋相比较鸡蛋而言，腥味比较重，用盐水腌制后，能达到去腥的效果，从口感上而言，腌制后的鸭蛋也更加的香嫩可口。
