当沉井作为地下遮蔽工程的构造往往须要在沉井顶部浇筑钢筋混凝土顶盖，以防地表水和大气水侵入，支承上部构筑物。有的顶盖厚度达1.5～2.0m。在刃脚遇到障碍物的情况下，必须先清除后再下沉。清除方法是人工排除，在不能排水的情况下，由洁水工进行下切割或者水下。沉井下沉时，有时会产生偏斜、下沉速渡过快或过慢等情形，此时应细心调查原因，调剂挖土次序和消除施工障碍，甚至借助卷扬机进行纠偏。
在刃脚遇到障碍物的情况下，必须先清除后再下沉。清除方法是人工排除，在不能排水的情况下，由洁水工进行下切割或者水下。下沉通过粘土胶结层或沉井自身重力偏轻下沉困难时，可采用井外高压射水、降低井内水位等方法下沉。在结构受力容许的条件下，亦可采用压重或接高沉井下沉。当下沉到后阶段时，由于沉井井体很大部分进入土中，受土体侧向约束作用，摩阻力增大，沉井将会出现下沉困难，而倾斜的可能性就很小了。
沉井下沉前，应根据设计单位提供的地质资料决定是否需要增补施工勘探，为编制施工技术方案提供准确依据。施工前，应详细调查施工期间内的洪汛、凌汛、河床冲涮、通航及漂流物等情况，并根据调查情况制定具体措施，确保安全。根据不同土质情况，采用不同的挖土顺序，分层开挖，使挖土对称均匀，刃脚均匀受力，沉井均匀、竖直平稳下沉。采用泥浆润滑套法即在井壁周围空隙中充填触变性较大的泥浆(膨润土20％、火碱5％、水75％)或黄泥浆，使其形成一个具有润滑作用的泥浆套，可以大大减少作用在井壁上摩阻力，并加强管理，防止泥浆流失。
沉井下沉至设计标高时，应进行沉降观测，满足设计要求后方可封底。经检验合格后，应及时封底。渗水量上升速度≤6mm／min时，可用浇筑普通混凝土方法封底，否则宜采用水下混凝土封底。在软粘性土层中，对下沉系数不大的沉井，采取连续挖土，连续下沉，中间停歇时间不要过长。采用射水法即在井壁腔内的不同高度处对称预埋射水管，在井壁外侧留有喇叭口朝上方的射水嘴，遇下沉缓慢或停沉时，用高压水射水以减少井壁与土层之间的摩阻力。沉井虽然具有这些优点，一旦在施工过程中稍有不慎或质量控制不好，都将会出现一系列质量问题，纠偏起来难度相当大，成本相当高，给工程的正常使用带来很大的影响。
