为了使微耕机保持性能，新购微耕机必须进行磨合，使用中的微耕机必须进行定期保养与维护。磨合新购的微耕机开始使用时是磨合阶段，油门不能开得太大，发动机必须中速运行（用档耕作），在运转12小时后，趁热机状态卸下发动机曲轴箱的放油螺塞，放出机油，然后再将螺塞拧紧，从注油口加入足量的新机油，同时也更换传动箱的齿轮油，微耕机工作与传动箱的磨损，致使发动机启动困难，油耗增加，马力下降，严重者造成机器损坏。
在发动机启动后，仔细观察排气管排出的烟色和倾听发动机的声音，当确认发动机工作正常后，在离合器状态时，选择适当的档位，再结合离合器，耕作机具开始转动，可进行田间作业正常工作，千万不要在离合器结合状态下强行挂档，否则就会打烂传动箱齿轮，造成不必要的损失。若离合器分离不清，必须先进行调整，直到离合器能分离清时才能挂档。
发动机盖衬垫密封胶使用不当。使用偏移盖板密封胶后，多余的密封胶很容易进入齿轮箱。由于长时间工作和油泵的吸入，密封胶容易堵塞进油孔，使曲轴和连杆无法得到有效润滑。用薄膜纸密封燃油箱盖的漏油处。油箱密封后，长时间工作会在油箱内产生负压，导致进油不足，使机器工作时冒黑烟，动力不足。柴油雾化不好只换喷嘴。柴油雾化不良除了喷嘴问题，大部分是由于高压油泵磨损、压力低、油量少造成的。
