待内壁刷洗完毕后，清洗人员会打开排水阀，或用抽泥沙的水泵将池底的沉淀物直接排到下水道，然后用清水冲洗水箱，并配制消毒液，均匀洒在水箱内壁表面消毒，再用清水将水箱冲洗干净，会冲洗2-3次。整个清洗过程需要2-3小时。每次清洗水箱后，都会将水质样片送到疾控中心等检测单位进行检测，检测水箱里的水的余氯、浊度等指标，确保居民引用水安全。
蓄水池清洗消毒方法：清洗过程：1、安排清洗人员。为了防止工作人员携带病菌进入槽内，应使工作人员穿干净衣服，所使用的长靴.手套和雨衣等应以有效氯为50～100ppm的消毒液消毒。2、关闭进水阀门，计算进水量及用水量，决定关闭阀门时间以减少水量浪费。3.以高压洗净机或人工刷洗，清除池底淤泥、杂物。4、排干污水。5、加进清水20—30公分。6、用高压水冲洗整个水池的池壁。
清洗负责人招集清洗人员及检修人员讲解清洗程序、安全措施、技术要求以及安全注意事项。把燃着的蜡烛放入池底，如不熄灭说明水池内不缺氧。安装36V行灯供水池、水箱内照明用。清洗和检修人员进入池内工作。清洗人员刷洗六面体水池（箱）横、竖各三遍，检修人员对水池（箱）的管道及浮球、水位控制器进行维修。清洗完毕后排尽水池（箱）中的污水，再向水池（箱）内洒漂白精消毒。半小时后，再次进入水池（箱）内冲洗，消毒三次后，清除池底污泥，用潜水泵抽出池中的积水。在清洗水池的同时，另派人检修、清理紧固阀门，清洗过滤网以及检查电气控制线路。检查各种设施正常后，注水入池，取水样到市卫生防疫检测站化验取证。
水箱清洗、消毒水箱(池)的步骤；1．事先发告示，使居民有所准备。2．关闭进出水、阀门。3．打开排水阀或启动潜水泵，使水位下降至30cm左右，关闭排水阀或潜水泵，并堵塞出水口，防止污物进入。4．水箱清洗人员携带工具和水笼头进水箱(池)进行清扫和冲刷，先箱(池)顶，后底，由里向外依次进行，如有损坏处应及时修补。5．洗刷和检查完毕，开排水阀或启动潜水泵，排尽污水并用清水冲清，关闭排水阀或潜水泵。6．用已配成消毒液对内壁自上而下，由里向外，均匀地喷涂箱(池)壁表面，可涂刷至入孔口，退出箱(池)，盖上孔盖。